L'isomalto-oligosaccharide est formé par hydrolyse catalysée par enzyme de l'amidon de différentes cultures de céréales (blé, orge, maïs), impulsions (lentilles, pois), riz, tapioca (cassava), pomme de terre et autres sources d'amidon. Les enzymes, y compris l'alpha-glucosidase, l'alpha-amylase et la pullulanase, hydrolysent les polysaccharides dans l'amidon pour produire des oligosaccharides mono-, di-, tri- et autres plus petits liens de glycosides alpha-1,4 et alpha-1,6. La levure est ajoutée pour éliminer le glucose qui peut se former à la suite des réactions d'hydrolyse enzymatique.
La dernière étape de l'hydrolyse de l'amidon est une étape de saccharification qui donne un sirop de maltose élevé. Le sirop de maltose contient naturellement des di- et tri-oligosaccharides avec des liaisons de glycosides alpha- 1,4. Afin de convertir ces molécules en molécules caloriques fonctionnelles et faibles, ces liaisons alpha-1,4 sont converties enzymatiquement en liaisons alpha-1,6, formant ainsi l'OMI. Cette étape est atteinte par l'ajout d'une enzyme, la transglucosidase (TG). Pour résumer, l'enzyme TG convertit les malto-oligosaccharides en IMO.